Bakura ataca o faraó e seus sacerdotes para roubar o Anel e o Enigma do Milênio. Em vez de tomar para si o Olho do Milênio de Akhenaden, ele implanta parte de seu próprio espírito na Relíquia e traz à tona o mal latente que adormecia no sacerdote.

Tomado pela inveja, Akhenaden começa a tramar contra o faraó e seu lado maligno ganha vida própria.

Enquanto isso, com a ajuda do místico egípcio Bobasa, Yugi e seus amigos seguem Yu-Gi-Oh ao “mundo das memórias”. A intenção é ajudar o faraó, desvendando seu verdadeiro nome.